住院医师培训的考核逐渐规范，并逐渐达到标准化的要求。考核分平时考评和阶段考试、各医院自行组织考核和省、市高等学校统一组织的理论考试、计算机考试等不同方式，其考核内容和程序如下图所示。
每一科室轮转结束，由科主任组织考评小组人员，以无记名投票方法对住院医师的医德医风、临床技能、教学能力作出综合评价，记入轮转手册。医德医风的内容包括：①对工作的责任心、服务态度、遵纪守法、劳动纪律的评定；
②医疗作风的评定；
③有否差错、事故；
④团结互助、顾大局、识大体的表现。
评为优或良者为合格，如医德医风不合格者，则该年该轮转中临床实践均不记学分。对临床技能如病史采集能力、全面体检能力、操作及手术技能，采取面对面考核的办法，并须达到规定的学分。
1．外文水平
选用英文版克氏外科学和希氏内科学内容。水平测试每年举行一次，住院医师进入第二阶段起均可参加外文水平测试，形式为英泽中，要求达到2小时完成4000印刷符号的翻译量。
2．专业理论
即将结束第二阶段培训的住院医师必须参加统一组织的专业理论考试，以达到各专业低年资主治医师的基本要求。